Хубилай хаан хятадыг бүхэлд нь эзлэн хятадад Юан гүрнийг байгуулав. Судлаачид энэ үеийн эзэнт гүрнийг газар зүйн байршилаар нь үндсэн таван хэсэгт хуваан үздэг ажээ. Үүнд: Монгол орон нь Чингис хааны үеэс эхлэн Мөнх хаан насан эцэс болсон 1259 оныг хүртэл Монголын эзэнт гүрний төв нь болж байсан. Хубилайн хятадад байгуулсан Юан гүрэн, Персэд Ил хаадын улс, дундад Азид Цагаадайн улс тус тус буй болж биеэ даажээ. Энэ үеийн түүх нь монголын түүхийн нэгэн сонирхолтой үе бөгөөд эртнээс нааш дэлхий дахины олон эрдэмтэн мэргэд судлан тэмдэглэсэн ном судар арвин бий.
Музейн үзүүллэгт бодит эд өлөг болон бичгийн эх сурвалжаар илэрхийлсэн үзмэрүүд үзэгчдийн сонирхолыг ихээхэн татдаг билээ. Дундад зууны монголчууд зөвхөн цэрэг зэвсгийн хүчээр бусдыг дарангуйлан, суурин иргэдийг түйвээн харгислаж байсангуй, тэд хот суурин байгуулж, худалдаа арилжааг хөхүүлэн дэмжиж, бичиг үсэг зохиож өрнө дорны соёлыг холбоход өөрийн хувь нэмрийг оруулсан юм.
Хар хорум хот. Монголын эртний нийслэл Хар хорум хотыг 1220 онд Чингис хааны зарлигаар байгуулж эхэлсэн билээ. Монголын эзэнт гүрний хаадууд энэ хотыг нэмэн сэлбэж байгуулжээ. Хар хорум хотын хөгжлийн оргил үе нь Өгэдэй хааны үе бөгөөд өрнө дорныг холбосон худалдааны "торгоны зам"-ын гол төв болж байв. Өгэдэй хаан хуучин хотыг тойруулан хэрэм босгож, "Түмэн амгалант ордоо" 1235 онд байгуулсан. Мөн хотын ойр орчимд Өгэдэй хааны бариулсан зургаан орд харш байжээ.
1264 онд Хубилай хаан Монголын эзэнт гүрний нийслэлийг Бээжинд шилжүүлснээр Хар хорум хотын нөлөө аажмаар буурч, Хубилайн дүү Аригбөх, Хубилай хоёрын хооронд хаан ширээний төлөөх тэмцэл тулааны үед хагас нь нурсан байна. Хожим 1297 он болон Тогоонтөмөр хааны үед Хар хорум хотыг сэлбэн барих ажил эхэлж 4 жил орчим үргэлжилжээ. Билэгт хаан Хар хорумыг сэргээн босгох ажлыг хийж, буддын сүмийг байгуулж лам нарт зориулсан олон барилга байшин бариулжээ. 1380 онд хятадын Мин улсын цэрэг Монголд довтолж Хар хорум хотыг галдан шатаажээ. XVI зуун "бага хаад"-ын үед монголын феодалуудын хоорондох их, бага дайны улмаас Хар хорум хот улам доройтон сүйрсээр байжээ. Үүнээс хойш 200 жилийн дараа түүний суурин дээр монголын шарын шашны төв Эрдэнэ зуу хийдийг барьжээ.
Хар хорум хотын туурийг 1949 онд Орос-Монголын хамтарсан археологийн шинжилгээний анги эрдэмтэн С.В.Киселев, Х.Пэрлээ нарын удирдлагаар малтан шинжилжээ. Малтлагаас ваар савны зүйл маш ихээр олдсон. Үүнд Хятад, Солонгос, Дундад Ази, Орос гаралтай ваар сав байна. Мөн Хятад, Дундад Ази, Бага Азийн орнуудын нарийн чамин хийц бүхий шаазан эдлэл олноор олджээ. Хар хорум хотыг малтахад их хэмжээний төмөр эдлэл олдсоны дотор хөдөлмөрийн янз бүрийн багаж сүх, зээтүү, үйлийн хайч, зуухны төмөр цорго, шор муна, гэр тэрэгний том, жижиг цөн гарсан юм. Мөн 1975 онд газар шорооны ажлаар олдсон булшнаас гарсан Египедийн фараоны баг болон гуулин хонх, жин хэмжүүрийн туухай, хүрэл тогоо зэрэг сонирхолтой олдворуудыг музейд байрлуулсан. Эдүгээ хүртэл олон улсын эрдэмтэн судлаачид Хар хорум хотын туурийг судлан шинжилсээр байна.
Чулуун хөрөг. Монгол нутгаас эртний түрэг, уйгарын үеийн хүн чулуунаас гадна Монгол гүрний үед холбогдох 70 орчим хүн чулуун хөшөө илрүүлээд байна. Эдгээр хүн чулуун хөшөө нь уран нандин хийцтэй хүний нүүр, бие төрх, хувцас, гоёл чимэглэлийг тод томруун дүрсэлсэн байдаг. Чулуун хөшөө нь босоо хийгээд суугаа байдалтай гартаа цом суулга барьсан байдаг. Нутгийн ард иргэд эдгээрийг чулуун хөрөг хэмээн нэрлэдэг.
МҮТМ-д буй хүн чулуун хөшөө Дорнод аймгийн Халх гол сумын Шонх таван толгой хэмээх газар байжээ. Монголын үеийн хүн чулуун хөшөөг тусгайлан судалсан археологич доктор Д.Баяр хөшөөнөө дүрсэлсэн хувцас, эд зүйлсээр нь ХIII-ХIV зууны үед холбогдох болохыг нь тогтоосон юм.
Юан улсын Хубилай хаан. Хубилай хааны үед арлын Японоос бусад Дорно дахины улс орнууд бараг бүхэлдээ Монгол гүрний эрхшээлд орж, монголчуудын нэр сүр дэлхий дахинаа улам бүр цуурайтаж байсан юм. Хубилай хаан төрийн төвөө 1264 онд Бээжинд шилжүүлснээр урьдах хаадуудын төвлөн сууж төр гүрний нийслэл болж байсан Хар хорум хотын нөлөө аажмаар суларчээ. 1271 онд Хубилай хаан улсаа албан ёсоор Юан гүрэн хэмээн нэрлэв.
Хубилай хааны үед буддын шашныг төрийн шашнаар залсан учраас Хубилайг "төр шашныг хослон баригч их хаан" гэж хүндэтгэдэг. Төрийн хэргээ хөтлөх монгол дөрвөлжин бичгийг Пагва ламаар зохиолгон төрийн бичиг болгов. Хубилайн дараагаар хаан суусан Өлзийтөөс Тогоонтөмөр хаан хүртэл төр захирсан хаад улсын дотор газар авсан төрийн хямралыг намжааж чадалгүй байсаар 1368 оны хятад тариачдын бослогоор Тогоонтөмөр хааныг нанхиад газраас үлдэн хөөснөөр Юан гүрэн мөхөж, монголын түүхийн нэгэн үе дуусвар болж шинэ үе эхэлсэн билээ.
Хубилай хааны дорнодын бодлого. Хубилай хааны дорнодын бодлого Японы зүг чиглэж 1274 оны намрын адаг сард байлдааны 900 хөлөг онгоцтой Солонгосоос хөдлөв. Монголын цэрэг Цусима, Ики арлыг эзэлж Кюшү арлын эрэгт буув. Энэ арлын Хаката Байд болсон тулалдаанд япончууд монгол цэргийн хүчийг анх удаа бие дээрээ амсчээ. Гэвч нэгэн шөнө далайн шуурга дэгдэж, 200 хөлөг онгоц живсэний улмаас 15 000 цэргийн аминд хүрсэн өргөн довтолгооноо зогсоож гэдрэг буцахаас аргагүй болсон хэдий ч их, бага хэмжээний олон дайн Япон, Солонгосын эргээр үргэлжилжээ. 1281 онд дорнын дайнд 4400 хөлөг онгоц (4500), 140 000 гаруй хүнтэй тэнгисийн цэргийн асар их хүчээр Такашимаг эзлэн авлаа. Монгол цэрэг Кюшү аралд цөмрөн орох бэлтгэлээ хийж эхлэв. Японы арлуудад хөлгүй түгшүүр тархан бүхнийг аймшиг эзэмдэн Японы эзэн хаан, ард түмэнтэйгээ сүм хийддээ бурхнаас тусламж гуйн мөргөж Шинто шашны ёслол тасралтгүй үйлдэж байв. 1281 оны 8-р сард Такашима орчимд далайн аймшигт хар шуурга дэгдэж Юан улсын цэргийн 400 хөлөг онгоц далайд живж 10 000 орчим цэргийн амь үрэгджээ.
Монгол гүрний дотоодод өрнөсөн хямралын улмаас 1286 онд Японыг байлдан дагуулах дайныг зогсоожээ. Музейн үзмэрт энэ тулалдааны хэсгийн зураг, далайд живсэн хөлөг онгоцноос олдсон ваарыг байрлуулсан билээ.
Юан гүрнийг эсэргүүцсэн бослого удаа дараалан гарсаар босогчид 1368 онд Бээжинг эзлэн Тогоонтөмөр хаан Бээжингээс хөөгдөн Юан гүрэн үндсэндээ мөхөв. Умар тийш хөөгдсөн монголчууд умарт Юан улсыг Цагаан хэрмээс нааших нутагт сэргээхийг оролдсон боловч Мин улсын цэрэгт цохигдсон билээ. Юан гүрний дараа Зургаан түмэн монгол, Дөрвөн түмэн ойрад хэмээн нэрлэгдэх болсон монголчууд Хянганы нуруунаас Тэнгэр уул, Сибирээс урагшлаад Цагаан хэрэм хүртэлх нутагт нутаглаж байв. Тэд тус тусдаа бие даасан тархай бутархай ханлиг, ванлиг маягтай байсан. Энэ зурвас үеийг монголын түүхэнд бага хаадын үе хэмээн нэрлэдэг. Юаны дараа Чингисийн үеийн дөчин түмнээс баруун гарын гурав, зүүн гарын гурван түмэн үлдсэн хийгээд мөн ойрадын дөрвөн түмэн байлаа. Ийм учраас Зургаан түмэн монгол, Дөрвөн түмэн ойрад гэх үг гарсан нь магадтай.
Энэ үед монголыг дахин нэгтгэсэн хүн бол Батмөнх даян хаан юм. Түүний өмнөх Мандуул хаан угсаа залгамжлах нуган хөвүүнгүй нас барсан тул 33 настай бага хатан Мандухай нь 7 настай Батмөнхтэй ураглаж, түүний нэрэн дор монголчуудыг нэгтгэсэн билээ. Ийнхүү улсыг нэгтгэсэн хатныг түүхэнд Мандухай цэцэн хатан хэмээн хүндэтгэн дурсдаг төдийгүй монголчуудын дунд үлгэр домог болон үлджээ.
Батмөнх даян хааныг тэнгэрт хальсаны дараа монгол орон дахин хэд хэдэн эзэмшил болон хуваагдав. Батмөнх даян хааны отгон хүү Гэрсэнз монгол нутгийн төвд эцгийнхээ язгуурын улсыг залгамжлан, халхын засаг ноёдын өвөг нь болжээ. Халх монголчууд хэмээхийн халх гэдэг үгийг эрдэмтэд голчлон "халхавч" гэсэн үгнээс гаралтай гэж үздэг.
Гэрсэнз халхыг долоон хөвгүүндээ хувааж өгснөөр халхын долоон хошуу үүсэв. Халхад тус тусдаа эзэмшил бүхий Түшээт хан, Засагт хан, Цэцэн хан гэсэн цол бүхий гурван хан зэрэг шахам бий болсон нь 1580-аад оны дунд үед холбогдоно. Даян хааныг залгамжлагчдын дотор Баруун түмнийг толгойлогч Алтан хан (1507-1582) ихэд алдартай байв. Түмэдийн Алтан хан говиос урагш, Цагаан хэрмээс хойшхи уудам нутгийг захирч байсан бөгөөд шарын шашин дэлгэрүүлэхэд ихэд хүчин зүтгэсэн. Түмэдийн Алтан хан одоогийн Хөх хотыг үүсгэн байгуулсан нь тус газрын эдийн засагт ихээхэн ахиц гарсаныг илтгэдэг.